| Términos totales | Términos grandes | % | |
|---|---|---|---|
| ORA | 11 | 6 | 54.55 |
| GSEA | 61 | 0 | 0.00 |
| elim | 198 | 0 | 0.00 |
| weight | 151 | 2 | 1.32 |
| PC | 91 | 23 | 25.27 |
| weight01 | 177 | 8 | 4.52 |
Grafo para los 20 términos más significativos de ORA. Abrir en nueva pestaña para ver en detalle.
Grafo de los 20 términos más significativos para GSEA a mayor color mayor significancia. Los nodos rectangulares representan uno de los 20 términos. Abrir en nueva pestaña para ver en detalle.
Grafo de los 10 términos más significativos para elim. A mayor color mayor significancia. Los nodos rectangulares representan uno de los 10 términos.
Grafo de los 10 términos más significativos para weight. A mayor color mayor significancia. Los nodos rectangulares representan uno de los 10 términos. Abrir en nueva pestaña para ver en detalle.
Grafo de los 20 términos más significativos para PC A mayor color mayor significancia. Los nodos rectangulares representan uno de los 20 términos. Abrir en nueva pestaña para ver en detalle.
Grafo de los 10 términos más significativos para weight01. A mayor color mayor significancia. Los nodos rectangulares representan uno de los 10 términos. Abrir en nueva pestaña para ver en detalle.
Tamaño medio para los términos significativos detectados por cada uno de los métodos
Distribución del IC detectado por cada método
## Warning in mean.default(gsea$enrichment): argument is not numeric or logical:
## returning NA
## Warning in mean.default(gsea$enrichment): argument is not numeric or logical:
## returning NA
|
Estandar
|
WSC
|
WSC + Filtrado
|
|||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Nº Términos | Enriquecimiento | IC medio | Nº Términos | Enriquecimiento | IC medio | Nº Términos | Enriquecimiento | IC medio | |
| Fisher | 11 | 2.22 | 4.22 | 10 | 2.27 | 4.26 | 5 | 2.88 | 5.18 |
| GSEA | 61 | 0.70 | 8.01 | 57 | 0.00 | 8.01 | 57 | 0.00 | 8.01 |
| elim | 198 | 5.84 | 8.01 | 193 | 5.77 | 7.97 | 193 | 5.77 | 7.97 |
| weight | 151 | 6.06 | 8.06 | 148 | 6.00 | 8.03 | 146 | 6.06 | 8.08 |
| PC | 91 | 3.36 | 5.88 | 90 | 3.37 | 5.89 | 67 | 4.05 | 6.89 |
| weight01 | 177 | 5.56 | 7.73 | 172 | 5.46 | 7.68 | 164 | 5.66 | 7.88 |
En la tabla superior vemos que si usamos WSC de forma aislada conseguimos descartar algunos términos para todos los métodos; principalmente GSEA que presenta una clara mejoría; sin embargo, su efecto no es muy destacable y en algunos casos incluso empeora el enriquecimiento medio. Al combinar WSC con un filtrado de los términos generales obtenemos unos mejores resultados en todos los casos, con un claro incremento de enriquecimiento en los métodos tradicionales y una sutil mejora en los métodos de control.
Utilizando el porcentaje de solapamiento (PO):
\[ (PO) = \bigg(\frac{\frac{k}{L_1}+\frac{k}{L_2}}{2}\bigg)*100 \]
Siendo k el número de términos compartidos por ambos métodos a comparar, L1 el número de términos del primer métodos y L2 los del segundo. Con ello podemos conocer cuantos términos comparten entre sí los distintos métodos.
Heatmap de las medidas PO para los 6 métodos de enriquecimiento funcional
Relación entre los términos de ORA, GSEA y PC
Relación entre los términos de elim, weight y weight01
Relación entre los 6 métodos de enriquecimiento
| simplifyEnrichment | REVIGO | |
|---|---|---|
| > 20 términos | 0 | 0 |
| 5-20 términos | 0 | 0 |
| < 5 términos | 7 | 5 |
| Tamaño medio | 1 | 2 |
| Total | 7 | 5 |
| simplifyEnrichment | REVIGO | |
|---|---|---|
| > 20 términos | 0 | 0 |
| 5-20 términos | 0 | 0 |
| < 5 términos | 4 | 4 |
| Tamaño medio | 1 | 1 |
| Total | 4 | 4 |
Clusterizado mediante simplifyEnrichment para ORA
Clusterizado mediante REVIGO para ORA
| simplifyEnrichment | REVIGO | |
|---|---|---|
| > 20 términos | 8 | 13 |
| 5-20 términos | 8 | 21 |
| < 5 términos | 26 | 16 |
| Tamaño medio | 20 | 17 |
| Total | 42 | 50 |
| simplifyEnrichment | REVIGO | |
|---|---|---|
| > 20 términos | 0 | 0 |
| 5-20 términos | 4 | 2 |
| < 5 términos | 8 | 13 |
| Tamaño medio | 4 | 3 |
| Total | 12 | 15 |
Clusterizado mediante simplifyEnrichment para GSEA
Clusterizado mediante REVIGO para GSEA
| simplifyEnrichment | REVIGO | |
|---|---|---|
| > 20 términos | 3 | 1 |
| 5-20 términos | 2 | 13 |
| < 5 términos | 6 | 16 |
| Tamaño medio | 18 | 6 |
| Total | 11 | 30 |
| simplifyEnrichment | REVIGO | |
|---|---|---|
| > 20 términos | 2 | 1 |
| 5-20 términos | 5 | 13 |
| < 5 términos | 15 | 15 |
| Tamaño medio | 8 | 6 |
| Total | 22 | 29 |
Clusterizado mediante simplifyEnrichment para elim
Clusterizado mediante REVIGO para elim
| simplifyEnrichment | REVIGO | |
|---|---|---|
| > 20 términos | 2 | 1 |
| 5-20 términos | 4 | 8 |
| < 5 términos | 9 | 18 |
| Tamaño medio | 10 | 5 |
| Total | 15 | 27 |
| simplifyEnrichment | REVIGO | |
|---|---|---|
| > 20 términos | 2 | 1 |
| 5-20 términos | 4 | 7 |
| < 5 términos | 13 | 19 |
| Tamaño medio | 7 | 5 |
| Total | 19 | 27 |
Clusterizado mediante simplifyEnrichment para weight
Clusterizado mediante REVIGO para weight
| simplifyEnrichment | REVIGO | |
|---|---|---|
| > 20 términos | 0 | 0 |
| 5-20 términos | 3 | 4 |
| < 5 términos | 41 | 35 |
| Tamaño medio | 2 | 2 |
| Total | 44 | 39 |
| simplifyEnrichment | REVIGO | |
|---|---|---|
| > 20 términos | 0 | 0 |
| 5-20 términos | 3 | 3 |
| < 5 términos | 23 | 29 |
| Tamaño medio | 2 | 2 |
| Total | 26 | 32 |
Clusterizado mediante simplifyEnrichment para weight
Clusterizado mediante REVIGO para weight
| simplifyEnrichment | REVIGO | |
|---|---|---|
| > 20 términos | 3 | 1 |
| 5-20 términos | 3 | 11 |
| < 5 términos | 10 | 16 |
| Tamaño medio | 11 | 6 |
| Total | 16 | 28 |
| simplifyEnrichment | REVIGO | |
|---|---|---|
| > 20 términos | 3 | 1 |
| 5-20 términos | 2 | 9 |
| < 5 términos | 11 | 18 |
| Tamaño medio | 10 | 5 |
| Total | 16 | 28 |
Clusterizado mediante simplifyEnrichment para weight01
Clusterizado mediante REVIGO para weight01
| IC SE | IC RE | Media de clusters | Media de tamaño | Total términos | |
|---|---|---|---|---|---|
| ORA | 3.439254 | 3.635329 | 6.0 | 1.5 | 11 |
| GSEA | 4.416746 | 5.058535 | 46.0 | 18.5 | 61 |
| elim | 6.572500 | 6.510903 | 20.5 | 12.0 | 198 |
| weight | 5.550019 | 6.593288 | 21.0 | 7.5 | 151 |
| PC | 2.989524 | 3.289889 | 41.5 | 2.0 | 91 |
| weight01 | 6.097798 | 7.069475 | 22.0 | 8.5 | 177 |
| IC SE | IC RE | Media de clusters | Media de tamaño | Total términos | |
|---|---|---|---|---|---|
| ORA | 4.544161 | 4.544161 | 4.0 | 1.0 | 5 |
| GSEA | 5.371896 | 6.040461 | 13.5 | 3.5 | 57 |
| elim | 6.433535 | 6.346789 | 25.5 | 7.0 | 193 |
| weight | 5.907490 | 6.694320 | 23.0 | 6.0 | 146 |
| PC | 3.864715 | 3.835925 | 29.0 | 2.0 | 67 |
| weight01 | 6.671063 | 6.900816 | 22.0 | 7.5 | 164 |