1 Introducción

2 Análisis de los métodos de enriquecimiento funcional

Términos totales Términos grandes %
ORA 11 6 54.55
GSEA 61 0 0.00
elim 198 0 0.00
weight 151 2 1.32
PC 91 23 25.27
weight01 177 8 4.52

2.1 Resultados para ORA

Grafo para los 20 términos más significativos de ORA. Abrir en nueva pestaña para ver en detalle.

2.2 Resultados para GSEA

Grafo de los 20 términos más significativos para GSEA a mayor color mayor significancia. Los nodos rectangulares representan uno de los 20 términos. Abrir en nueva pestaña para ver en detalle.

2.3 Resultados para elim

Grafo de los 10 términos más significativos para elim. A mayor color mayor significancia. Los nodos rectangulares representan uno de los 10 términos.

2.4 Resultados para weight

Grafo de los 10 términos más significativos para weight. A mayor color mayor significancia. Los nodos rectangulares representan uno de los 10 términos. Abrir en nueva pestaña para ver en detalle.

2.5 Resultados para PC

Grafo de los 20 términos más significativos para PC A mayor color mayor significancia. Los nodos rectangulares representan uno de los 20 términos. Abrir en nueva pestaña para ver en detalle.

2.6 Resultados para weight01

Grafo de los 10 términos más significativos para weight01. A mayor color mayor significancia. Los nodos rectangulares representan uno de los 10 términos. Abrir en nueva pestaña para ver en detalle.

2.7 Comparativas generales

2.7.1 Calidad de los términos y WSC

Tamaño medio para los términos significativos detectados por cada uno de los métodos

Distribución del IC detectado por cada método 

## Warning in mean.default(gsea$enrichment): argument is not numeric or logical:
## returning NA

## Warning in mean.default(gsea$enrichment): argument is not numeric or logical:
## returning NA
Estandar
WSC
WSC + Filtrado
Nº Términos Enriquecimiento IC medio Nº Términos Enriquecimiento IC medio Nº Términos Enriquecimiento IC medio
Fisher 11 2.22 4.22 10 2.27 4.26 5 2.88 5.18
GSEA 61 0.70 8.01 57 0.00 8.01 57 0.00 8.01
elim 198 5.84 8.01 193 5.77 7.97 193 5.77 7.97
weight 151 6.06 8.06 148 6.00 8.03 146 6.06 8.08
PC 91 3.36 5.88 90 3.37 5.89 67 4.05 6.89
weight01 177 5.56 7.73 172 5.46 7.68 164 5.66 7.88

En la tabla superior vemos que si usamos WSC de forma aislada conseguimos descartar algunos términos para todos los métodos; principalmente GSEA que presenta una clara mejoría; sin embargo, su efecto no es muy destacable y en algunos casos incluso empeora el enriquecimiento medio. Al combinar WSC con un filtrado de los términos generales obtenemos unos mejores resultados en todos los casos, con un claro incremento de enriquecimiento en los métodos tradicionales y una sutil mejora en los métodos de control.

2.7.2 Medida PO

Utilizando el porcentaje de solapamiento (PO):

\[ (PO) = \bigg(\frac{\frac{k}{L_1}+\frac{k}{L_2}}{2}\bigg)*100 \]

Siendo k el número de términos compartidos por ambos métodos a comparar, L1 el número de términos del primer métodos y L2 los del segundo. Con ello podemos conocer cuantos términos comparten entre sí los distintos métodos.

Heatmap de las medidas PO para los 6 métodos de enriquecimiento funcional

2.7.3 Solapamiento de términos

Relación entre los términos de ORA, GSEA y PC

Relación entre los términos de elim, weight y weight01

Relación entre los 6 métodos de enriquecimiento

3 Clusterizado de los resultados

3.1 Resultados de ORA

3.1.1 Heatmaps

3.1.1.1 Heatmaps estandar

Relación entre los 50 términos más significativos para los 6 métodos de enriquecimiento Relación entre los 50 términos más significativos para los 6 métodos de enriquecimiento

3.1.1.2 Heatmaps WSC

Relación entre los 50 términos más significativos para los 6 métodos de enriquecimiento Relación entre los 50 términos más significativos para los 6 métodos de enriquecimiento

3.1.2 Tablas

3.1.2.1 Tabla estandar

Resultados del clusterizado para ORA
simplifyEnrichment REVIGO
> 20 términos 0 0
5-20 términos 0 0
< 5 términos 7 5
Tamaño medio 1 2
Total 7 5

3.1.2.2 Tabla WSC

Resultados del clusterizado para ORA
simplifyEnrichment REVIGO
> 20 términos 0 0
5-20 términos 0 0
< 5 términos 4 4
Tamaño medio 1 1
Total 4 4

3.1.3 Resultados

3.1.3.1 SE

Clusterizado mediante simplifyEnrichment para ORA

3.1.3.2 REVIGO

Clusterizado mediante REVIGO para ORA

3.1.3.3 SE - WSC

3.1.3.4 REVIGO - WSC

3.2 Resutados GSEA

3.2.1 Heatmaps

3.2.1.1 Heatmaps estandar

Relación entre los 50 términos más significativos para los 6 métodos de enriquecimiento Relación entre los 50 términos más significativos para los 6 métodos de enriquecimiento

3.2.1.2 Heatmaps WSC

Relación entre los 50 términos más significativos para los 6 métodos de enriquecimiento Relación entre los 50 términos más significativos para los 6 métodos de enriquecimiento

3.2.2 Tablas

3.2.2.1 Tabla estandar

Resultados del clusterizado para GSEA
simplifyEnrichment REVIGO
> 20 términos 8 13
5-20 términos 8 21
< 5 términos 26 16
Tamaño medio 20 17
Total 42 50

3.2.2.2 Tabla WSC

Resultados del clusterizado para ORA
simplifyEnrichment REVIGO
> 20 términos 0 0
5-20 términos 4 2
< 5 términos 8 13
Tamaño medio 4 3
Total 12 15

3.2.3 Resultados

3.2.3.1 SE

Clusterizado mediante simplifyEnrichment para GSEA

3.2.3.2 REVIGO

Clusterizado mediante REVIGO para GSEA

3.2.3.3 SE - WSC

3.2.3.4 REVIGO - WSC

3.3 Resultados elim

3.3.1 Heatmaps

3.3.1.1 Heatmaps estandar

Relación entre los 50 términos más significativos para los 6 métodos de enriquecimiento Relación entre los 50 términos más significativos para los 6 métodos de enriquecimiento

3.3.1.2 Heatmaps WSC

Relación entre los 50 términos más significativos para los 6 métodos de enriquecimiento Relación entre los 50 términos más significativos para los 6 métodos de enriquecimiento

3.3.2 Tablas

3.3.2.1 Tabla estandar

Resultados del clusterizado para elim
simplifyEnrichment REVIGO
> 20 términos 3 1
5-20 términos 2 13
< 5 términos 6 16
Tamaño medio 18 6
Total 11 30

3.3.2.2 Tabla WSC

Resultados del clusterizado para ORA
simplifyEnrichment REVIGO
> 20 términos 2 1
5-20 términos 5 13
< 5 términos 15 15
Tamaño medio 8 6
Total 22 29

3.3.3 Resultados

3.3.3.1 SE

Clusterizado mediante simplifyEnrichment para elim

3.3.3.2 REVIGO

Clusterizado mediante REVIGO para elim

3.3.3.3 SE - WSC

3.3.3.4 REVIGO - WSC

3.4 Resultados weight

3.4.1 Heatmaps

3.4.1.1 Heatmaps estandar

Relación entre los 50 términos más significativos para los 6 métodos de enriquecimiento Relación entre los 50 términos más significativos para los 6 métodos de enriquecimiento

3.4.1.2 Heatmaps WSC

Relación entre los 50 términos más significativos para los 6 métodos de enriquecimiento Relación entre los 50 términos más significativos para los 6 métodos de enriquecimiento

3.4.2 Tablas

3.4.2.1 Tabla estandar

Resultados del clusterizado para weight
simplifyEnrichment REVIGO
> 20 términos 2 1
5-20 términos 4 8
< 5 términos 9 18
Tamaño medio 10 5
Total 15 27

3.4.2.2 Tabla WSC

Resultados del clusterizado para ORA
simplifyEnrichment REVIGO
> 20 términos 2 1
5-20 términos 4 7
< 5 términos 13 19
Tamaño medio 7 5
Total 19 27

3.4.3 Resultados

3.4.3.1 SE

Clusterizado mediante simplifyEnrichment para weight

3.4.3.2 REVIGO

Clusterizado mediante REVIGO para weight

3.4.3.3 SE - WSC

3.4.3.4 REVIGO - WSC

3.5 Resultados PC

3.5.1 Heatmaps

3.5.1.1 Heatmaps estandar

Relación entre los 50 términos más significativos para los 6 métodos de enriquecimiento Relación entre los 50 términos más significativos para los 6 métodos de enriquecimiento

3.5.1.2 Heatmaps WSC

Relación entre los 50 términos más significativos para los 6 métodos de enriquecimiento Relación entre los 50 términos más significativos para los 6 métodos de enriquecimiento

3.5.2 Tablas

3.5.2.1 Tabla estandar

Resultados del clusterizado para weight
simplifyEnrichment REVIGO
> 20 términos 0 0
5-20 términos 3 4
< 5 términos 41 35
Tamaño medio 2 2
Total 44 39

3.5.2.2 Tabla WSC

Resultados del clusterizado para ORA
simplifyEnrichment REVIGO
> 20 términos 0 0
5-20 términos 3 3
< 5 términos 23 29
Tamaño medio 2 2
Total 26 32

3.5.3 Resultados

3.5.3.1 SE

Clusterizado mediante simplifyEnrichment para weight

3.5.3.2 REVIGO

Clusterizado mediante REVIGO para weight

3.5.3.3 SE - WSC

3.5.3.4 REVIGO - WSC

3.6 Resultados weight01

3.6.1 Heatmaps

3.6.1.1 Heatmaps estandar

Relación entre los 50 términos más significativos para los 6 métodos de enriquecimiento Relación entre los 50 términos más significativos para los 6 métodos de enriquecimiento

3.6.1.2 Heatmaps WSC

Relación entre los 50 términos más significativos para los 6 métodos de enriquecimiento Relación entre los 50 términos más significativos para los 6 métodos de enriquecimiento

3.6.2 Tablas

3.6.2.1 Tabla estandar

Resultados del clusterizado para weight01
simplifyEnrichment REVIGO
> 20 términos 3 1
5-20 términos 3 11
< 5 términos 10 16
Tamaño medio 11 6
Total 16 28

3.6.2.2 Tabla WSC

Resultados del clusterizado para ORA
simplifyEnrichment REVIGO
> 20 términos 3 1
5-20 términos 2 9
< 5 términos 11 18
Tamaño medio 10 5
Total 16 28

3.6.3 Resultados

Clusterizado mediante simplifyEnrichment para weight01

3.6.3.1 SE

3.6.3.2 REVIGO

Clusterizado mediante REVIGO para weight01

3.6.3.3 SE - WSC

3.6.3.4 REVIGO - WSC

4 Conclusiones

4.1 Número de clusters

4.1.1 Clusterizado estandar

4.1.2 Clusterizado con WSC

4.2 Distribución de clusters

4.2.1 Clusterizado estandar

4.2.2 Clusterizado con WSC

4.3 Tabla comparativa

4.3.1 Tabla estandar

IC SE IC RE Media de clusters Media de tamaño Total términos
ORA 3.439254 3.635329 6.0 1.5 11
GSEA 4.416746 5.058535 46.0 18.5 61
elim 6.572500 6.510903 20.5 12.0 198
weight 5.550019 6.593288 21.0 7.5 151
PC 2.989524 3.289889 41.5 2.0 91
weight01 6.097798 7.069475 22.0 8.5 177

4.3.2 Tabla WSC

IC SE IC RE Media de clusters Media de tamaño Total términos
ORA 4.544161 4.544161 4.0 1.0 5
GSEA 5.371896 6.040461 13.5 3.5 57
elim 6.433535 6.346789 25.5 7.0 193
weight 5.907490 6.694320 23.0 6.0 146
PC 3.864715 3.835925 29.0 2.0 67
weight01 6.671063 6.900816 22.0 7.5 164